Konferencija – aukščiausias VIKO SA valdymo organas, kurio metu renkamas organizacijos vadovas, priežiūros komitetas, tvirtinamos ataskaitos, įstatai ir kiti svarbus dokumentai.

VIKO SA Taryba – tai kolegialus valdymo organas, kurį sudaro Prezidentas ir kiekvieno fakulteto Studentų atstovybės Pirmininkas. Taryba užtikrina, kad visi konferencijoje priimti sprendimai būtų įgyvendinti, inicijuoja ir teikia siūlymus dėl organizacijos įstatų, nuostatų bei kitų dokumentų keitimo. Atstovauja studentų interesams, deleguoja asmenys į VIKO savivaldos organus.

Prezidentas – VIKO SA vadovas, atsakingas už organizacijos veiklą, tinkamą lėšų paskirstymą ir turto panaudojimą. 

Priežiūros komitetas – VIKO SA veiklą prižiūrintis, siūlymus teikiantis organas. Tikrina veiklos teisėtumą bei tikslingumą ir finansinę veiklą.

Centrinis biuras – tai vykdomasis organas, kuriam vadovauja atstovybės prezidentas. Jį sudaro: viceprezidentas, socialinių ir akademinių reikalų vadovas, biuro vadovas, organizacijos stiprinimo vadovas, IT vadovas, komunikacijos vadovas, laisvalaikio vadovas, rinkodaros vadovas, tarptautinių ryšių vadovas. Kai kurie vadovai turi savo komitetus, kuriuos koordinuoja.

Fakulteto Studento atstovybė – VIKO SA vykdomasis organas kuris yra įsteigtas kiekviename fakultete. 

Fakultetinis seniūnų susirinkimas – VIKO SA valdymo organas kuris renka Fakulteto Studentų atstovybės narius, tvirtina metinį veiklos planą, išklauso metinę ataskaitą ir ją tvirtina, reiškia nuomone akademiniais ir socialiniais klausimais.